2024-01-25 国立遺伝学研究所
数千年前に日本列島に住んでいた縄文人の腸内環境がどのような特徴を持っていたのかはわかっていませんでした。
本研究では、縄文時代のウンチの化石(糞石)4検体から取得した古代DNAを用い、日本で初めてメタゲノム解析を実施しました。メタゲノム解析で得られた大規模なDNAデータの分析により、腸内に存在したと推定される細菌やウイルスに由来するゲノム配列が見出されました。この解析結果は縄文人の腸内環境の特徴を反映するものと考えられます。
今後、縄文人の他の糞石検体について同様の解析を行い、細菌やウイルスを特定することで、縄文時代から現代にかけての腸内細菌やウイルスの進化、および縄文人腸内環境の詳細な特徴を明らかにする予定です。
本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の西村瑠佳 (総合研究大学院大学遺伝学専攻大学院生) と井ノ上逸朗特任教授、東京大学大学院理学系研究科の太田博樹教授、福井県立若狭歴史博物館の鯵本眞友美文化財調査員らの共同研究グループによって実施されました。
本研究は、JSPS科学研究費22KJ1416特別研究員奨励費、22F22075特別研究員奨励費、21H05362学術変革領域、21K19289挑戦的研究(萌芽)、20H01370基盤研究(B)、20K21405挑戦的研究(萌芽)、17H03738基盤研究(B)、AMEDの課題番号JP23ek0109650h0001、ROIS未来投資型プロジェクトによって支援されました。
本研究成果は、国際科学雑誌「PLOS ONE」に2024年1月25日(日本時間)に掲載されます。
図: 縄文人糞石から検出されたウイルスゲノム配列の分類
円グラフで真核生物、アーキア(古細菌)、細菌に感染するウイルス(ファージ)の存在比を表している。大半が細菌に感染するウイルス(ファージ)であることが見て取れる。
Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago
Luca Nishimura, Akio Tanino, Mayumi Ajimoto, Takafumi Katsumura, Motoyuki Ogawa, Kae Koganebuchi, Daisuke Waku, Masahiko Kumagai, Ryota Sugimoto, Hirofumi Nakaoka, Hiroki Oota, Ituro Inoue
PLOS ONE (2024) 19, e0295924 DOI:10.1371/journal.pone.0295924
