2024-09-13 カリフォルニア大学サンディエゴ校(UCSD)
カリフォルニア大学サンディエゴ校の研究者は、DNAとタンパク質の相互作用を定量化する際に広く使用されるスパイクイン正規化技術の誤用を防ぎ、精度を向上させるための新しいガイドラインを発表しました。スパイクイン正規化は、試料に一定量のクロマチンを追加し、サンプル間の変動を補正する技術です。研究チームは、データの再分析と実験により9つの改善提案を開発し、より正確な結果を得るための指針を提供しています。
<関連情報>
- https://today.ucsd.edu/story/technique-to-study-how-proteins-bind-to-dna-is-easily-misused-new-study-offers-solution
- https://www.nature.com/articles/s41587-024-02377-y
スパイクイン正常化のワイルドウエスト
The Wild West of spike-in normalization
Lauren A. Patel,Yuwei Cao,Eric M. Mendenhall,Christopher Benner &Alon Goren
Nature Biotchnology Published:13 September 2024
DOI:https://doi.org/10.1038/s41587-024-02377-y
The proper use of spike-in normalization in ChIP-seq improves sensitivity for detecting genome-wide changes between conditions, but improper use is common, calling some biological conclusions into question. A survey of public datasets generates guidelines for implementation of spike-in normalization for future ChIP-seq experiments.
