深海由来の天然物でがん細胞を制御~ヤクアミドBの2つ目の標的タンパク質CD9の発見~

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2026-01-14 東京大学

東京大学大学院薬学系研究科を中心とする研究グループは、深海由来の抗がん活性天然物ヤクアミドBが示す新たな作用機構を解明した。光親和性標識(PAL)法を用いた解析により、ヤクアミドBは既知の標的であるATP合成酵素に加え、細胞膜タンパク質CD9と一過性に結合し、その分解を誘導することを世界で初めて明らかにした。この二重作用により、がん細胞の増殖抑制遊走抑制が同時に引き起こされる可能性が示された。本成果は、天然物がもつ一過的相互作用を捉えるPAL戦略の有効性を示すとともに、複数標的を同時制御する新規抗がん薬開発や、タンパク質分解誘導型治療戦略の創出につながる重要な知見を提供する。研究成果は Journal of the American Chemical Society に掲載された。

深海由来の天然物でがん細胞を制御~ヤクアミドBの2つ目の標的タンパク質CD9の発見~
ヤクアミド B が示すがん細胞に対する二重作用(増殖抑制・遊走抑制)

<関連情報>

光親和性標識戦略によりテトラスパニンCD9が抗癌剤ヤクアミドBの一時的な標的であることが明らかになった Photoaffinity Labeling Strategy Reveals Tetraspanin CD9 as a Transient Target of Anticancer Yaku’amide B

Junhao Fu,Koichi Kamiya,Kai Kitamura,Ryo Kawahara,Wataru Shihoya,Osamu Nureki,Shoichi Hosoya,Reiko Nakagawa,Tetsuo Mashima,Hiroaki Itoh,Masayuki Inoue,and Kaori Sakurai
Journal of the American Chemical Society  Published: January 9, 2026
DOI:https://doi.org/10.1021/jacs.5c13808

Abstract

Innovative chemical strategies are needed to understand the molecular targets of natural products, especially when they engage with multiple targets via transient interactions. Yaku’amide B (1), an anticancer natural product, inhibits mitochondrial FoF1-ATP synthase with nanomolar affinity; however, this mechanism alone does not explain its unique activity. Here, we employed photoaffinity labeling (PAL), a powerful, chemical strategy, to discover that tetraspanin CD9 is a transient cell surface target of 1 in cancer cells. Comprehensive analyses revealed that 1 binds to the cytoplasmic N-terminal region of CD9 with micromolar affinity, which accelerates its cellular entry, inducing CD9 depletion via lysosomal proteolysis. Both 1 and siCD9 inhibit cancer cell migration, suggesting that the 1–CD9 interaction plays a role in the mechanism of action of 1. Thus, 1 represents a novel natural product that binds to and promotes the degradation of CD9. This study underscores the versatility of applying the PAL strategy for mechanistic studies and highlights 1 as a promising molecular platform for targeting CD9-mediated cellular pathways.

有機化学・薬学
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