2024-12-12 京都大学
野田口理孝 理学研究科教授(兼:名古屋大学特任教授)と黒谷賢一 名古屋大学特任准教授らの研究グループは、中村保一 国立遺伝学研究所教授、磯部祥子 かずさDNA研究所特別客員研究員(現:東京大学教授)と共同で、生物間相互作用のモデル植物であるベンサミアナタバコ(Nicotiana benthamiana)の網羅的遺伝子発現プロファイルデータベースを構築しました。
ベンサミアナタバコは、以前より植物ウイルス等の病害応答の研究に広く使われているにもかかわらず、長らくそのゲノム配列の全貌は明らかになっていませんでしたが、全ゲノム配列の解読を同研究グループが2023年に報告しています。全ゲノム配列を明らかにしたため、ゲノムにコードされた全遺伝子の発現プロファイルを正確に調べることが可能となりました。
本研究では、ベンサミアナタバコの様々な生育ステージ、植物の部位ごとに網羅的な遺伝子発現状態を次世代シークエンサーを用いて調べ、遺伝子ごとの発現プロファイルをグラフィカルに閲覧可能な遺伝子発現ブラウザ(eFPブラウザ)を構築しました。また、遺伝子の系統解析や、発現プロファイルに基づくクラスター解析などの遺伝子データ解析プラットフォームを提供することで、ベンサミアナタバコを用いた遺伝子研究を加速し、植物科学の今後の発展が期待されます。
本研究成果は、2024年12月3日に、国際学術雑誌「The Plant Journal」に掲載されました。
遺伝子発現ブラウザ:(左)成熟植物・花・未熟植物、(右上)茎の傷処理、接木処理後、(右下)系統間の差異
詳しい研究内容について
ベンサミアナタバコの遺伝子発現データベースを構築 実験モデル植物の遺伝子解析ツールをウェブで提供
研究者情報
研究者名:野田口 理孝
