2024-02-05 カリフォルニア大学サンディエゴ校(UCSD)
◆この革新的なツールは「microbeMASST」と呼ばれ、微生物と人間や生態系との複雑な関係を研究するために国際的にキュレーションされた微生物の代謝物データのリポジトリを構築することを目指すNIHが支援するUCサンディエゴの協力的微生物代謝物センターの科学者によって開発されました。
<関連情報>
- https://today.ucsd.edu/story/new-technology-unscrambles-the-chatter-of-microbes
- https://www.nature.com/articles/s41564-023-01575-9
microbeMASST:微生物メタボロミクスデータのための分類学的情報に基づく質量分析検索ツール microbeMASST: a taxonomically informed mass spectrometry search tool for microbial metabolomics data
Simone Zuffa,Robin Schmid,Anelize Bauermeister,Paulo Wender P. Gomes,Andres M. Caraballo-Rodriguez,Yasin El Abiead,Allegra T. Aron,Emily C. Gentry,Jasmine Zemlin,Michael J. Meehan,Nicole E. Avalon,Robert H. Cichewicz,Ekaterina Buzun,Marvic Carrillo Terrazas,Chia-Yun Hsu,Renee Oles,Adriana Vasquez Ayala,Jiaqi Zhao,Hiutung Chu,Mirte C. M. Kuijpers,Sara L. Jackrel,Fidele Tugizimana,Lerato Pertunia Nephali,Ian A. Dubery,… Pieter C. Dorrestein
Nature Microbiology Published:05 February 2024
DOI:https://doi.org/10.1038/s41564-023-01575-9
Abstract
microbeMASST, a taxonomically informed mass spectrometry (MS) search tool, tackles limited microbial metabolite annotation in untargeted metabolomics experiments. Leveraging a curated database of >60,000 microbial monocultures, users can search known and unknown MS/MS spectra and link them to their respective microbial producers via MS/MS fragmentation patterns. Identification of microbe-derived metabolites and relative producers without a priori knowledge will vastly enhance the understanding of microorganisms’ role in ecology and human health.
