一般公開されたワークフローを用いて51の動物ゲノムを組み立てる(Researchers assemble 51 animal genomes using publicly accessible workflows)

2024-02-06

2024-02-05 ペンシルベニア州立大学(PennState)

◆ペンシルバニア州立大学、ロックフェラー大学、ジョンズ・ホプキンス大学の科学者らが参加する国際共同研究チームは、猫、イルカ、カンガルー、ペンギン、サメ、亀など、51種類の生物の遺伝的な設計図を再構築しました。
◆彼らは新しいアルゴリズムとコンピューターソフトウェアを開発し、人間のゲノムの場合、数か月から数十年かかっていたシーケンシング時間を数日に短縮しました。これにより、進化と人間と動物の関連性についての理解が深まりました。この新しいソフトウェアとそれによって生成されたゲノムは、Nature Biotechnology誌に掲載されました。

<関連情報>

スケーラブル、アクセス可能、再現可能な参照ゲノムアセンブリとGalaxyでの評価
Scalable, accessible and reproducible reference genome assembly and evaluation in Galaxy

Delphine Larivière,Linelle Abueg,Nadolina Brajuka,Cristóbal Gallardo-Alba,Bjorn Grüning,Byung June Ko,Alex Ostrovsky,Marc Palmada-Flores,Brandon D. Pickett,Keon Rabbani,Agostinho Antunes,Jennifer R. Balacco,Mark J. P. Chaisson,Haoyu Cheng,Joanna Collins,Melanie Couture,Alexandra Denisova,Olivier Fedrigo,Guido Roberto Gallo,Alice Maria Giani,Grenville MacDonald Gooder,Kathleen Horan,Nivesh Jain,Cassidy Johnson,… Giulio Formenti
Nature Biotechnology Published:26 January 2024
DOI:https://doi.org/10.1038/s41587-023-02100-3

The Earth BioGenome Project aims to produce reference genomes for all ~1.8 million known eukaryotic species over the next decade^1,2,3,4. Achieving this goal will require the current pace of reference genome production to increase by at least two orders of magnitude¹. Automation of the assembly process with a pipeline that is widely accessible to any research group will be required to achieve this speed-up. Enabling this goal requires sustained effort in three major areas: genome assembly optimization and best-practice development, computational infrastructure provisioning, and dissemination and training.