世界初の統合データセットが遺伝子から生態系への研究を可能にする(First-of-its-kind integrated dataset enables genes-to-ecosystems research)

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2024-04-08 オークリッジ国立研究所(ORNL)

オークリッジ国立研究所が、ポプラの微生物叢から生態系レベルのプロセスまでを結びつけた初のデータセットをリリースしました。このプロジェクトは、自然系の機能や気候変動への脆弱性、植物のバイオエネルギー源としての性能向上に関する研究に貢献することを目指しています。データは27のポプラの遺伝子型に関する情報を提供し、また、遺伝子型と生態系プロセスの関連性を探るために、ポプラの様々な特性と土壌環境の化学的な分析が含まれています。

<関連情報>

遺伝子型と環境を超えたポピュラスの統合メタゲノム、メタボローム、トランスクリプトーム調査 An integrated metagenomic, metabolomic and transcriptomic survey of Populus across genotypes and environments

Christopher Schadt,Stanton Martin,Alyssa Carrell,Allison Fortner,Dan Hopp,Dan Jacobson,Dawn Klingeman,Brandon Kristy,Jana Phillips,Bryan Piatkowski,Mark A. Miller,Montana Smith,Sujay Patil,Mark Flynn,Shane Canon,Alicia Clum,Christopher J. Mungall,Christa Pennacchio,Benjamin Bowen,Katherine Louie,Trent Northen,Emiley A. Eloe-Fadrosh,Melanie A. Mayes,Wellington Muchero,… Mitchel Doktycz
Scientific Data  Published:05 April 2024
DOI:https://doi.org/10.1038/s41597-024-03069-7

世界初の統合データセットが遺伝子から生態系への研究を可能にする(First-of-its-kind integrated dataset enables genes-to-ecosystems research)

Abstract

Bridging molecular information to ecosystem-level processes would provide the capacity to understand system vulnerability and, potentially, a means for assessing ecosystem health. Here, we present an integrated dataset containing environmental and metagenomic information from plant-associated microbial communities, plant transcriptomics, plant and soil metabolomics, and soil chemistry and activity characterization measurements derived from the model tree species Populus trichocarpa. Soil, rhizosphere, root endosphere, and leaf samples were collected from 27 different P. trichocarpa genotypes grown in two different environments leading to an integrated dataset of 318 metagenomes, 98 plant transcriptomes, and 314 metabolomic profiles that are supported by diverse soil measurements. This expansive dataset will provide insights into causal linkages that relate genomic features and molecular level events to system-level properties and their environmental influences.

生物工学一般
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