2021-11-01 国立遺伝学研究所,株式会社アンプラット
この度、国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 中村保一 教授のグループは、猫ゲノムインフォマティクスDB「Cats-I」の開発プロジェクトにおいて、株式会社アンプラット(本社:神奈川県川崎市、代表取締役:三澤拓真)と2021年11月より共同研究を開始いたしました。
▶ 詳細につきましては こちらのプレスリリース をご覧ください。
▶ 大量遺伝情報研究室 について
次世代型高速シーケンサ(NGS)の技術革新により、多くの研究者によって大量の塩基配列データが解読されるようになりました。情報研究系 大量遺伝情報研究室では「生命科学は今や情報学である」と考え、遺伝研スパコンを駆使し、あらゆる種類の生物種を対象として塩基配列情報の高精度なアセンブルやマッピング、品質の良い塩基配列の解釈(アノテーション)の実施、使い勝手の良いゲノム情報提供データベースの作成などに取り組んでいます。
Cats-I: Cats’ genome Informatics
Genome database for Felis catus
This web site contains genomic data obtained from the study for “AnAms1.0: A high-quality chromosome-scale assembly of a domestic cat Felis catus of American Shorthair breed” (Isobe, Matsumoto, Chung, Sakamoto, et al. BioRxiv, 2020. )
– all – AnAms Felis catus American Shorthair breed, Beta version
e.g. kinase PF01018 “GMP synthase” AnAmsBeta_A1000100
OR: topoisomerase gyrase (default behavior) AND: +”elongation factor” +transcription (Add + to each keyword)
NOT: “elongation factor” -transcription (Add – to exclude from search) Prefix search: ribosom* (ribosome, ribosomal, etc..)
Our cat
- Name
- Senzu
- Breed
- American Shorthair
- Sex
- Female
- Genome specs.
- 20 sequences (19 chromosomes + 1 unplaced)
2.49 Gbp in total
Assembly and annotation version
The current version of the genome assembly is ver1.0 (AnAms1.0).
The genome sequences are also available from the INSDC under the accession number BioProject:PRJDB9879.
Note that the current gene annotation is still in Beta-version and is subject to change in future revisions.
Citation
The data provided in this web site is freely available for academic purposes. Please cite the preprint posted on BioRxiv if you use the data obtained from the web site. DOI: 10.1101/2020.05.19.103788
Inquiries and feedback
Genome Informatics Laboratory, National Institute of Genetis. yn @ nig.ac.jp
