新たに公開されたデータ収集により、致死性ヒトウイルスに対する宿主分子の反応が解明される(New, Publicly Available Collection of Data Illuminates Molecular Host Responses to Lethal Human Viruses)

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2024-04-05 パシフィック・ノースウェスト国立研究所(PNNL)

科学者は致死性ウイルスを研究し、その起源や進化を追求してきた。しかし、ウイルスが病気を引き起こすメカニズムについてはまだ全て解明されていない。2013年に始まったOMICS-LHVプロジェクトでは、ホストのウイルス感染に対する反応を理解し、新薬や治療法を設計するための宿主標的を特定することを目指している。このプロジェクトは45の感染実験を実施し、20以上の論文を公表した。最終的なデータ収集論文では、統計的に処理されたデータセットが共有され、オープンサイエンスの精神に沿ったデータ共有が促進されている。

<関連情報>

ヒトの致死的ウイルス感染に対する宿主応答を明らかにするマルチオミクスデータの大要 A compendium of multi-omics data illuminating host responses to lethal human virus infections

Amie J. Eisfeld,Lindsey N. Anderson,Shufang Fan,Kevin B. Walters,Peter J. Halfmann,Danielle Westhoff Smith,Larissa B. Thackray,Qing Tan,Amy C. Sims,Vineet D. Menachery,Alexandra Schäfer,Timothy P. Sheahan,Adam S. Cockrell,Kelly G. Stratton,Bobbie-Jo M. Webb-Robertson,Jennifer E. Kyle,Kristin E. Burnum-Johnson,Young-Mo Kim,Carrie D. Nicora,Zuleyma Peralta,Alhaji U. N’jai,Foday Sahr,Harm van Bakel,Michael S. Diamond,… Katrina M. Waters
Scientific Data  Published:02 April 2024
DOI:https://doi.org/10.1038/s41597-024-03124-3

新たに公開されたデータ収集により、致死性ヒトウイルスに対する宿主分子の反応が解明される(New, Publicly Available Collection of Data Illuminates Molecular Host Responses to Lethal Human Viruses)

Abstract

Human infections caused by viral pathogens trigger a complex gamut of host responses that limit disease, resolve infection, generate immunity, and contribute to severe disease or death. Here, we present experimental methods and multi-omics data capture approaches representing the global host response to infection generated from 45 individual experiments involving human viruses from the Orthomyxoviridae, Filoviridae, Flaviviridae, and Coronaviridae families. Analogous experimental designs were implemented across human or mouse host model systems, longitudinal samples were collected over defined time courses, and global multi-omics data (transcriptomics, proteomics, metabolomics, and lipidomics) were acquired by microarray, RNA sequencing, or mass spectrometry analyses. For comparison, we have included transcriptomics datasets from cells treated with type I and type II human interferon. Raw multi-omics data and metadata were deposited in public repositories, and we provide a central location linking the raw data with experimental metadata and ready-to-use, quality-controlled, statistically processed multi-omics datasets not previously available in any public repository. This compendium of infection-induced host response data for reuse will be useful for those endeavouring to understand viral disease pathophysiology and network biology.

医療・健康
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