2018-03-16 国立遺伝学研究所遺伝情報分析研究室・池尾研究室
HpBase: a genome data base of a sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus
Sonoko Kinjo, Masato Kiyomoto, Takashi Yamamoto, Kazuho Ikeo, Shunsuke Yaguchi
Development Growth & Differentiation DOI:10.1111/dgd.12429
筑波大学 生命環境系 谷口俊介准教授（下田臨海実験センター）は、情報・システム研究機構 遺伝情報分析研究室 池尾一穂准教授、金城その子研究員、お茶の水女子大学 湾岸生物教育研究センター 清本正人准教授、広島大学 大学院理学研究科 山本卓教授との共同研究により、バフンウニ（Hemicentrotus pulcherrimus）のゲノム配列を解読しました。
バフンウニは北海道南端より南の地域の海岸線でよく見られるウニの一種であり、地域によっては貴重な漁獲対象物となっています。また、その採集のしやすさ、卵や精子といった配偶子取得の容易さから、発生生物学、細胞生物学等の優れた研究材料としてだけでなく、動物の発生を学ぶ教育現場においても、我が国では長い間利用されてきました。本研究では、バフンウニのゲノム配列を解読し、研究・教育の過程で利用できるデータベース「HpBase」(http://cell-innovation.nig.ac.jp/Hpul/)を作成しました。
本研究の成果は2018年3月13付で日本発生生物学会の機関誌「Development Growth & Differentiation」にて先行公開されました。データベースは3月19日公開の予定です。
本研究は、AMEDおよび文部科学省の助成金によって実施されました。
なお、国立遺伝学研究所にて開発した次世代シーケンサーデータの解析ツールを以下のurlにて提供しています。
http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/
参考文献：Kinjo, S. et.al. 2018. Maser: one-stop platform for NGS big data from analysis to visualization. DATABASE. In press.
