かつて絶滅危惧種であったカートランド・ウグイスが、ゲノム上に広範な近親交配の兆候を示す(Once-endangered Kirtland’s warblers show extensive signs of inbreeding in genome)

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2024-12-11 ペンシルベニア州立大学(PennState)

ペンシルベニア州立大学の研究チームは、かつて絶滅危惧種であったカートランドアメリカムシクイのゲノムを解析し、広範な近親交配の兆候を確認しました。近親交配は生存率や繁殖成功率に悪影響を及ぼす可能性があり、この発見は同種の保全活動に重要な示唆を与えます。カートランドアメリカムシクイは、ミシガン州の若いバンクスマツ林にのみ生息し、1970年代には生息地の減少やコウウチョウによる托卵の影響で絶滅寸前まで減少しました。1973年の絶滅危惧種法の下での集中的な管理により個体数は回復し、2019年にリストから除外されましたが、現在も管理が必要とされています。研究チームは、最新のシーケンシング技術を用いてカートランドアメリカムシクイの全ゲノムを解析し、近縁交配の指標である「ホモ接合性の連続領域(ROH)」を調査しました。その結果、他の安定した個体群を持つ近縁種と比較して、カートランドアメリカムシクイは長く連続したROHを多く持ち、近親交配の程度が高いことが示されました。この研究は、絶滅危惧種のリストから除外する際に、近親交配の程度を考慮する必要性を強調しています。

<関連情報>

絶滅危惧種に指定されたばかりのソングバードが、近親交配のゲノム上の証拠を多数保持しており、今後の回復を困難にする可能性がある Recently Delisted Songbird Harbors Extensive Genomic Evidence of Inbreeding, Potentially Complicating Future Recovery

Anna María Calderón, Andrew W. Wood, Zachary A. Szpiech, David P. L. Toews
Evolutionary Applications  Published: 09 December 2024
DOI:https://doi.org/10.1111/eva.70052

かつて絶滅危惧種であったカートランド・ウグイスが、ゲノム上に広範な近親交配の兆候を示す(Once-endangered Kirtland’s warblers show extensive signs of inbreeding in genome)

ABSTRACT

The Kirtland’s warbler (Setophaga kirtlandii) is a rare migratory passerine species and habitat specialist of the North American Jack Pine Forests. Their near extinction in the 1970s classified them as endangered and protected under the Endangered Species Act of 1973. After decades of intense conservation management, their population size recovered, and they were delisted from federal protection in 2019. We explore the genomic consequences of this harsh bottleneck and recovery by comparing the genomic architecture of two closely related species whose population sizes have remained large and stable, Hooded Warblers (Setophaga citrina) and American Redstarts (Setophaga ruticilla). We used whole-genome sequencing to characterize the distribution of runs of homozygosity and deleterious genetic variation. We find evidence that Kirtland’s warblers exhibit genetic patterns consistent with recent inbreeding. Our results also show that Kirtland’s warblers carry an excess proportion of deleterious variation, which could complicate management for this conservation-reliant species. This analysis provides a genetically informed perspective that should be thoroughly considered when delisting other species from federal protections. Through the increasing accessibility of genome sequencing technology, it will be more feasible to monitor the genetic landscape of recovering populations to ensure their long-term survival independent of conservation intervention.

生物化学工学
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