ミカンゲノムデータベース(MiGD)の公開

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品種鑑定や新品種育成に用いるDNAマーカー開発を効率化

2019-08-06 農研機構

ポイント

カンキツのDNAマーカー1)開発支援用のデータベース「ミカンゲノムデータベース(MiGD)」を開発・公開しました。10種類のカンキツ及びその近縁野生種について、DNAマーカーの開発に必要なDNA多型情報2)を容易に探索できます。本データベースは、カンキツの有用遺伝子の特定や、新品種育成過程での優良個体の選抜、品種鑑定の効率化に役立ちます。

概要

次世代シーケンス技術の進展によりさまざまな植物でゲノム配列が解読されています。カンキツでは農研機構が2017年にウンシュウミカンの全ゲノム配列を解読し、今回新たにカラタチ3)の全ゲノム配列を解読しました。またこれまでに他の研究機関が、オレンジ、クレメンティン4)など、8種類のカンキツ及びその近縁種のゲノム配列を解読・公開しています。これらの情報をマップベースドクローニング5)等による有用遺伝子の特定や、優良個体の選抜、品種鑑定に利用するには、DNAマーカーの開発が重要となります。
農研機構は今回、カンキツのDNAマーカーの開発を支援するデータベース「ミカンゲノムデータベース(MiGD)」を開発し、ウェブ公開しました。10種類のカンキツ及びその近縁種(ウンシュウミカン、カラタチ、オレンジ、クレメンティン、ポンカン、ブンタン2種、シトロン6)およびカンキツの近縁野生種2種)について、DNAマーカー開発に必要な、種間や品種間のゲノム配列のわずかな違い(多型)を容易に探索できます。また本データベースでは、ウンシュウミカンとカラタチの全ゲノム配列情報と遺伝子のアノテーション7)情報や、カンキツ類全般で利用できる、約2,700の既存DNAマーカー情報も閲覧できます。
本データベースは、カンキツの育種事業を行う公設試等や権利侵害の輸入防止を行う税関等が、カンキツの有用遺伝子の特定や、新品種育成過程での優良個体の選抜、品種鑑定を効率的に行うのに役立ちます。
ミカンゲノムデータベース(MiGD)(英語)URL https://mikan.dna.affrc.go.jp/

関連情報

予算:運営費交付金、農林水産省委託プロジェクト「ゲノム情報を活用した農作物の次世代生産基盤技術の開発」(GMO)

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